2001年7月新疆医科大学成立了第一个博士后流动站—临床医学博士后科研流动站，经过22年的发展，学校目前有4个博士后流动站，分别是临床医学、药学、公共卫生与预防医学、中西医结合；4个博士后工作站，分别是附属肿瘤医院、附属中医医院、第二附属医院、第六附属医院。目前学校已招收来自北京大学、香港中文大学、中国药科大学、中南大学、浙江大学等高校博士后167人，其中在站博士后58人。

学校博士后站立足新疆，扎根本土，已形成了赋有地方特色的稳定的研究方向，同时注重产学研结合，我们已同新疆维吾尔自治区人民医院、新疆喀什地区第一人民医院、新疆特丰药业股份有限公司、新疆埃乐欣药业有限公司、新奇康药业股份有限公司、新疆华恒生物药业有限责任公司、新疆银朵兰药业股份有限公司等多家博士后工作站联合培养博士后。

学校培养博士后立足新疆本土，充分发挥临床医疗、科学研究优势，不仅为新疆地区医疗卫生事业做出了贡献，为地区经济发展做出贡献，也为国家“一带一路”的战略添砖加瓦。