| 序号 | 来源 | 名称 | 立项时间 | 负责人 | 单位 |
| 1 | 教育部创新团队发展计划滚动支持 | 棘球绦虫致病机制与综合防治研究（2011） | 滚动支持 | 温浩 | 第一临床医学院 |
| 2 | 心血管疾病临床及基础研究（2013） | 滚动支持 | 马依彤 | 第一临床医学院 | |
| 3 | 天山创新团队计划 | 包虫病高发肝脏器官发病机制与防治研究创新团队 | 2017 | 张传山 | 第一临床医学院 |
| 4 | 中医药防治慢性阻塞性肺疾病研究团队 | 2017 | 李凤森 | 第四临床医学院 | |
| 5 | 冠心病发病机制与靶向治疗创新团队 | 2018 | 陈邦党 | 第一临床医学院 | |
| 6 | 医学大数据与生物信息挖掘创新团队 | 2020 | 王凯 | 医学工程技术学院 | |
| 7 | 肛门失禁动物实验模型创建与治疗研究创新团队 | 2020 | 路明 | 第一临床医学院 | |
| 8 | 急性心肌梗死的基础与介入研究创新团队 | 2020 | 何鹏义 | 第一临床医学院 | |
| 9 | 慢性高原病机制与干预研究创新团队 | 2021 | 艾尼娃尔·艾克木 | 药学院 | |
| 10 | 新疆高发肿瘤宫颈癌基础研究创新团队 | 2021 | 阿仙姑·哈斯木 | 基础医学院 | |
| 11 | 人工关节假体周围感染诊治及骨缺损修复重建创新团队 | 2021 | 曹 力 | 第一临床医学院 | |
| 12 | 儿童恶性肿瘤及重大疾病诊疗创新团队 | 2021 | 严 媚 | 第一临床医学院 | |
| 13 | 基于医学大数据平台的乳腺癌人工智能精准诊疗创新团队 | 2021 | 李鸿涛 | 第三临床医学院 | |
| 14 | 颞下颌关节骨关节炎软骨退变机制与治疗研究创新团队 | 2021 | 龚忠诚 | 第一临床医学院 | |
| 15 | 糖脂代谢的时空调控与肥胖相关疾病研究创新团队 | 2022 | 焦谊 | 基础医学院 | |
| 16 | 新疆肺癌免疫应答机制及免疫治疗优势人群筛选、预测预后相关研究的创新团队 | 2022 | 刘春玲 | 第三临床医学院 | |
| 17 | 慢性淋巴细胞白血病发病机制研究创新团队 | 2022 | 曲建华 | 第一临床医学院 | |
| 18 | 科技创新团队（天山创新团队） | 新疆自然人群队列建设及主动健康创新团队 | 2023 | 戴江红 | 公共卫生学院 |
| 19 | 糖尿病胰岛β细胞功能衰减发病机制研究创新团队 | 2023 | 蒋升 | 第一临床医学院 | |
| 20 | 食管癌发病机制基础及临床研究创新团队 | 2023 | 张志强 | 第一临床医学院 | |
| 21 | c-Myc调控miRNA影响三阴性乳腺癌细胞受体重新表达及分型改变的机制研究创新团队 | 2023 | 董朝 | 第三临床医学院 | |
| 22 | 骨与关节疾病防治中医外治研究创新团队 | 2023 | 刘俊昌 | 第四临床医学院 | |
| 23 | 自治区高校科研计划创新团队项目 | 新疆高发肿瘤宫颈癌基础研究团队 | 2017 | 阿仙姑·哈斯木 | 基础医学院 |
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