新疆医科大学以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻习近平总书记关于教育的重要论述，落实立德树人根本任务，坚持“为党育人、为国育才”，以新医科建设为统领，以提高人才培养质量为核心，以服务经济社会发展为目标，凸显特色发展、深化内涵建设，培养具备扎实的基本理论、基本知识和基本技能，具备良好的自主学习能力、崇高的人文情怀和优秀的职业素养，具有时代使命感和社会责任感，政治过硬、技术精湛的本科应用型人才。

学校构建通识教育、思政教育、专业教育、实践教育相融合的本科教育体系，通过优化专业人才培养方案，推动一流专业、一流课程、建设。学校坚持五育并举，突出德育为先、提升智育水平、强化体育锻炼、增强美育熏陶、重视劳动教育，促进学生德智体美劳全面发展，持续提升人才培养质量。

现有医学、理学、工学、管理学、法学5个学科门类，形成了以医学为主，其它学科相辅相成的学科专业结构与布局。