学校已建有国家级实验教学示范中心2个，国家级中医临床教学培训示范中心1个，自治区级实验教学示范中心5个，实践教学基地158所，其中，直属附属医院8所，非隶属附属医院7所，教学医院18所，实习医院94所，实习基地31个。

一、国家级实验教学示范中心

基础医学国家级实验教学示范中心（新疆医科大学）

临床技能培训考核国家级实验教学示范中心（新疆医科大学）

二、国家级临床教学培训示范中心

新疆医科大学第一附属医院

新疆医科大学附属中医医院

三、自治区级实验教学示范中心

中医药学实验教学中心

口腔医学实验教学中心

公共卫生学院实验教学中心

药学实验教学中心

护理学实验教学中心

四、实践教学基地

（一）附属医院（8所）

第一附属医院，第二附属医院，第三附属医院（新疆维吾尔自治区肿瘤医院），第四附属医院（新疆维吾尔自治区中医医院），第五附属医院，第六附属医院（新疆维吾尔自治区骨科医院），第七附属医院（新疆维吾尔自治区老年病医院），第八附属医院（新疆维吾尔自治区结核病防治研究所）

（二）非隶属附属医院（7所）

新疆维吾尔自治区人民医院，新疆维吾尔自治区儿童医院，新疆军区总医院，乌鲁木齐市友谊医院，乌鲁木齐市中医医院，克拉玛依市中心医院，哈密市中心医院

（三）教学医院（18所）

新疆维吾尔自治区维吾尔医医院，乌鲁木齐市口腔医院，乌鲁木齐市妇幼保健院，乌鲁木齐市第四人民医院，伊犁哈萨克自治州友谊医院，伊犁哈萨克自治州奎屯医院，巴音郭楞蒙古自治州人民医院，库尔勒市维吾尔医医院，喀什地区第一人民医院，喀什地区第二人民医院，喀什地区维吾尔医医院，昌吉回族自治州人民医院，阿克苏地区第一人民医院，和田地区维吾尔医医院，墨玉县维吾尔医医院，石河子市人民医院，新疆生产建设兵团医院，新疆生产建设兵团第一师医院